Human Protein Atlas jubilerar

I den nya Single Cell Type Atlasen kan man studera förekomsten av gener och proteiner i enskilda celler. Här syns SFTPC, ett protein som endast uttrycks i en viss typ av celler i lungan.

Human Protein Atlas är ett program med syftet att kartlägga alla människans proteiner i celler, vävnader och organ. Pilotprojektet smög igång redan år 2000 och atlasen har kommit att bli en av världens mest besökta biologiska databaser. All information i den är öppen för att ge forskare, både i den akademiska världen och inom industrin, fri tillgång till data. Atlasen har redan bidragit till flera tusen vetenskapliga publiceringar inom människans biologi och sjukdomar. Programmet har sitt säte på SciLifeLab, en nationell infrastruktur för molekylär biovetenskap, som delas av KI, KHT, Stockholms universitet och Uppsala universitet.

Ny digital skrift och webbplats

Den digitala ”booklet” som ges ut i samarbete med tidskriften Science i samband med jubileet samlar alla nyckelreferenser och det viktigaste projektet åstadkommit hittills. Dessutom lanseras en separat webbplats (en ”microsite”). Här finns fler exempel på framsteg gjorda inom programmet och här kan man dessutom se flera olika filmer baserade på 3D-immunoimaging och light sheet-mikroskopi. Till exempel om Alzheimers sjukdom och blod-hjärnbarriären. Filmerna kan användas som undervisningsmaterial om människokroppens biologi och i varje video intervjuas en forskare som diskuterar innehållet.

Högupplöst karta över enskilda celler

Programmet passar också på att lansera version 20 av proteinatlasen. I denna nya version har man även inkluderat en så kallad Single Cell Type Atlas. Denna atlas gör det möjligt för forskare att studera uttryck av alla humana proteinkodande gener i 192 enskilda celltyper. Cecilia Lindskog, verksam vid institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet är ansvarig för programmets tissue profiling-grupp.

– Vi är glada över att kunna lansera denna nya Single Cell Type Atlas som en del av Human Protein Atlas-programmet, där vi lyfter fram gener i olika humana celltyper och kopplar dessa till motsvarande data på proteinnivå. Detta bidrar med en viktig resurs för förståelsen av specificitet hos enskilda celler, vilket är viktigt för ytterligare karakterisering av proteinfunktion.