En metagenomisk tidsresa för att studera utvecklingen av antimikrobiell resistens i mikrobiomer hos vilda svenska djur

Tidsperiod: 2020-01-01 till 2022-12-31

Projektledare: Katerina Guschanski

Finansiär: Formas

Bidragstyp: Oklassificerat

Budget: 3 000 000 SEK

Antimikrobiell resistens (AMR) är en stor global hälsorisk och en ekonomisk börda. Det finns upprepade bevis för utbyte av AMR-gener mellan vilda djur, boskap och människor, och därmed för djurlivets roll som reservoar för antibiotikaresistens. Ändå vet vi väldigt lite om de vilda djurens AMR-potential. Jag vill studera prevalensen och mångfalden av AMR-faktorer hos flera svenska vilda djuarter med olika ekologi och exponering för människor. För detta ändamål kommer jag att använda tandplaque, den förkalkade bakteriella biofilmen som bildas på tänderna och som bevaras oförändrat genom tiden. Med hjälp av fossilt-DNA och storskalig metagenomik kommer jag att undersöka AMRs progression de senaste 100 åren, från före förekomsten av antibiotikaproduktion på industriell skala sen 1940-talet fram till idag. Först ska jag bestämma baslinjen av AMR i värdassocierade mikrobiom före 1940. Därefter kommer jag att studera utvecklingen av AMR som svar på ökad antibiotikaproduktion 1940-1990. Slutligen ska jag undersöka effektiviteten i den nationella ”Strama-planen” för att bekämpa AMR genom att utvärdera förändringar i överflöd och mångfald av AMR-gener sedan 1995. Detta projekt bygger på One Health-konceptet och kommer att ge en integrerad syn på utvecklingen av antibiotikaresistens i det vilda, upptäcka vilda djurs reservoarpotential och effektiviteten av en av de mest framgångsrika antibiotikabehandlingsstrategierna världen över, vilket tillåterrekommendatioer på global nivå.