Jämförande genomik hos husdjur och vilda värdpopulationer för studier av samutveckling med virus

Tidsperiod: 2019-01-01 till 2021-12-31

Projektledare: Patric Jern

Finansiär: Formas

Bidragstyp: Oklassificerat

Budget: 2 997 960 SEK

Projektet syftar till att skapa ny kunskap om samutveckling mellan retrovirus och värdar genom att studera naturlig variation bland endogena retrovirus (ERV) inom och mellan värdpopulationer. Virus måste infektera och föröka sig i värdceller. Retrovirus måste dessutom bli en del av cellens arvsmassa för att producera nya virus. Under miljontals år har ibland retrovirus infekterat könsceller och nedärvts till värdens avkomma som ERV. Dessa ERV representerar retrovirus vid infektionstidpunkterna och utgör idag 10% av arvsmassan. Därmed ger ERV ett sällsynt perspektiv på långvarig samutveckling hos retrovirus och deras värdar. Tack vare nya molekylära metoder har ERV-forskningen en stark tvärvetenskaplig tillväxt som bygger på virus, genomik och evolutionsforskning. En snabb ökning av sekvensbestämda arvsmassor möjliggör kartläggning av ERV för att studera hur retrovirus har varierat genom evolutionen. För dessa studier kommer vi att utveckla beräkningsmetoder och undersöka i vilken utsträckning ERV i arvsmassan skiljer sig inom och mellan värdpopulationer. Vi kommer också att utvärdera hur fullständig information som kan tolkas från enstaka arvsmassor jämfört med motsvarande information från hela värdpopulationer för studier av samutveckling med virus. Resultat från dessa studier förväntas leda till nya breda forskningsinitiativ som väver samman ERV och infektiösa virus med värdbiologi för att skapa ny kunskap och tolkning av resultat inom biologisk och biomedicinsk forskning.