Allmän studieplan för utbildning på forskarnivå för bioinformatik

Bioinformatik

Bioinformatics

TNBIIN00

Ansvarig institution: Institutionen för cell- och molekylärbiologi

Ämnesspecifika delar (*) fastställda av teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden (forskarutbildningsnämnden) 2008-07-02, reviderade 2016-11-09.

Fakultetsgemensamma delar fastställda av teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden 2022-04-26 och reviderade 2023-02-07.

Fakultetsgemensamma delar gäller från och med 2022-07-01. Fakultetsgemensamma delar gäller även för doktorand som påbörjat forskarutbildning tidigare än 2022-07-01, undantaget om de skulle medföra försämrade villkor för forskarstuderande.

Ämnesbeskrivning*

Bioinformatik är ett tvärvetenskapligt ämne där datavetenskapliga, matematiska, statistiska och reglertekniska metoder och teorier används för att modellera komplexa biologiska system. Bioinformatiken täcker ett brett forskningsområde; från hypotesdrivna datorbaserade undersökningar av biologiska problem med hjälp av experimentella eller simulerade data där huvudmålet är upptäckt och utveckling av ny biologisk kunskap, till utveckling av algoritmer och teorier, modelleringsmetoder och statistiska tekniker för att lösa teoretiska och praktiska problem i samband av hantering och analys av biologiska data. Bioinformatiken möjliggör utveckling av datarik forskning inom livsvetenskaperna samt stimulerar till nyutveckling inom datavetenskap, matematik, beräkningsvetenskap och andra stödjande discipliner.

Syfte och mål för utbildning

Övergripande syfte och mål för utbildningen

Utbildningen på forskarnivå ska utveckla de kunskaper och färdigheter som behövs för att självständigt kunna bedriva forskning (Högskolelagen, 1992:1434). Högskoleförordningens examensordning (bilaga 2, 1993:100) fastställer de krav som ska uppfyllas för doktorsexamen respektive licentiatexamen (se mall för individuella studieplanen).

Ämnesspecifika mål*

Utgående från den grundläggande utbildningen inom ämnesområdet skall studier på forskarnivå ge kompetens som ligger vid forskningens frontlinjer inom ämnesområdet. Utbildningen skall även ge kunskaper inom minst ett tillämpningsområde för bioinformatik.

Under utbildningen ska doktoranden genom aktivt deltagande i forskningen, kurser och utförande av avhandlingsarbete under handledning uppnå en betydande teoretisk ämneskompetens samt omfattande praktisk kompetens i ämnet.

Den som erhållit doktorsexamen skall kunna självständigt planera och genomföra forskningsprojekt inom ämnet bioinformatik. Förutom i den akademiska miljön skall doktorn kunna svara för forsknings- och utvecklingsarbete inom t.ex. hälsovården och näringsliv. Dessutom ska utbildningen leda till att doktoranden aktivt deltar i den vetenskapliga diskussionen. Doktoranden skall även kunna presentera sina mål och resultat i muntlig och skriftlig form för olika målgrupper på engelska samt, när det gäller svensktalande doktorander, på svenska.

Den som erhållit licentiatexamen skall ha erfarenhet av självständigt forskningsarbete och ha nått den ämnesmässiga och metodologiska kompetens som erfordras för aktivt deltagande i forskningsprojekt inom den valda inriktningen, samt vara kapabel att kritiskt förhålla sig till den vetenskapliga utvecklingen inom ämnet. Doktoranden skall även kunna presentera sina mål och resultat imuntlig och skriftlig form för olika målgrupper på engelska samt, när det gäller svensktalande doktorander, på svenska.

Behörighet

Grundläggande behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå regleras i högskoleförordningen enligt följande:

Grundläggande behörighet har den som

har avlagt en examen på avancerad nivå, eller
fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Högskolan får för en enskild sökande medge undantag från kravet på grundläggande behörighet, om det finns särskilda skäl. (7 kap. 39 § HF).

För att den som har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (under andra punkten ovan) ska anses behörig vid Uppsala universitet, ska det i de 60 högskolepoängen på avancerad nivå ingå ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng (AFUU § 2, UFV 2022/729).

Särskild behörighet *

För utbildning på forskarnivå i bioinformatik gäller att den som antas skall ha godkänt resultat på kurser inom relevanta områden omfattande minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå. Däri ingår att vara väl förtrogen med teorin inom den aktuella inriktningen genom kurser på avancerad nivå samt att ha genomfört ett examensarbete med relevant inriktning. Särskild behörighet har även den som utomlandet förvärvat motsvarande kunskaper.

Utlysning, urval och antagning

Information och utlysning

Antagning ska ske i konkurrens efter öppen annonsering av doktorandplats, med undantag av de fall som anges i 7 kap. 37 § HF. Utlysningen ska vara tillgänglig lokalt och på universitetets webbsida (www.uu.se) minst tre veckor före ansökningstidens utgång och bör ges lämplig nationell och internationell spridning.

Urval

Urval bland sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. De bedömningsgrunder som tillämpas vid urvalet är:

kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och ämnet/inriktningen
bedömd förmåga till självständigt arbete, exempelvis
- förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
- förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation
- förmåga till självständig kritisk analys
övriga erfarenheter relevanta för utbildning på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Bedömningsgrunderna kan exempelvis visas genom bilagda handlingar, intervju eller färdighetsprov.

Därutöver görs en bedömning av den sökandes allmänna kompetens och personliga egenskaper, samt samarbetsförmåga. Vid likvärdig bedömning ges företräde till sökande från underrepresenterat juridiskt kön bland de forskarstuderande i ämnet/inriktningen.

Enbart det förhållandet att en sökande bedöms kunna få tidigare utbildning eller yrkesverksamhet tillgodoräknad för utbildningen får inte vid urval ge sökande företräde framför andra sökande (7 kap 41 § HF).

Antagning

Doktorand antas till utbildning på forskarnivå i ett forskarutbildningsämne/inriktning. Antagning av doktorand med heltidsanställning som doktorand vid Uppsala universitet beslutas av prefekten vid institutionen, utom i de fall som preciseras i fakultetens riktlinjer för utbildning på forskarnivå (TEKNAT 2021/301). Antagningar med annan finansieringsform beslutas av fakultetens arbetsutskott efter beredning i forskarutbildningsnämnden.

Utbildningens upplägg och innehåll

Utbildningen omfattar dels kurser och dels forskningsarbete och kan bedrivas i olika former som preciseras i den individuella studieplanen.

Forskningsprojektet ska vara väl avgränsat och ambitionsnivån sättas med hänsyn till såväl examensmål för utbildningen som nettostudietiden (högst 48 månader för doktorsexamen respektive högst 24 månader för licentiatexamen).

Fordringar för doktorsexamen *

För doktorsexamen fordras dels godkända prov på de kurser som ingår i den för varje doktorand fastställda individuella studieplanen, dels godkänt disputationsprov. Utbildningen, som leder till doktorsexamen omfattar 240 högskolepoäng (fyra års heltidsstudier), varav avhandlingsdelen omfattar minst 120 högskolepoäng och kursdelen omfattar minst 40 högskolepoäng.

Fordringar för licentiatexamen *

En etapp i utbildningen på forskarnivå om minst 120 högskolepoäng (två års heltidsstudier), kan avslutas med licentiatexamen. För denna fordras att doktoranden dels har blivit godkänd vid de prov som ingår i etappen, dels har fått en vetenskaplig uppsats som motsvarar studier om minst 60 högskolepoäng godkänd. Kursdelen omfattar minst 20 högskolepoäng.

Handledning

Det är prefektens ansvar att tillgodose att det finns tillräcklig tid för handledning av institutionens doktorander. En doktorand som begär det ska få byta handledare (6 kap 28 § HF).

Individuell studieplan

Huvudhandledare, i samråd med forskarutbildningsansvarig professor, är ansvarig för att ta fram en första individuell studieplan inför antagning. Prefekt fastställer studieplan i samband med antagning. Den individuella studieplanen ska innehålla en tidsplan för doktorandens utbildning, hur handledningen är organiserad samt en beskrivning av de åtaganden som doktoranden och institutionen har under utbildningstiden. I den individuella studieplanen anges även de kurser som ingår i doktorandens utbildning.

Den individuella studieplanen ska revideras minst årligen i samverkan mellan doktoranden och dennes handledare. Revideringen innebär en uppföljning av doktorandens progression i förhållande till examensmålen och tidigare plan, samt planering för fortsatt utbildning.

Kurser

Fakultetgemensamma kurser

Kurs i forskningsetik, med omfattning om minst 2 högskolepoäng och innehåll motsvarande de kurser som tillhandahålls vid fakulteten, ska ingå för licentiat- och doktorsexamen. Det är rekommenderat att introduktionskurs till studier på forskarnivå liksom kurs i vetenskapligt skrivande ingår.

Doktorander som undervisar bör läsa högskolepedagogisk utbildning. Detta anges i den individuella studieplanen, och kan antingen vara ett poängsatt kursmoment eller ske inom ramen för doktorandens institutionstjänstgöring.

Högskolepedagogisk utbildning om 5 veckor motsvarar vid fakulteten 7,5 hp, och kan ingå i forskarutbildningen.

Doktorander som inte har svenska som förstaspråk bör erbjudas grundläggande utbildning i svenska språket. Utbildningen kan vara ett poänggivande kursmoment i forskarutbildningen eller ske inom ramen för doktorandens institutionstjänstgöring.

Ämnesspecifika kurser *

Kurserna ska ge djupare och bredare insikter i ämnet som komplement till den specialistkompetens som vinns i forskningsarbetet.

Kursdelen kan bestå av vetenskapliga kurser, metodkurser, litteraturstudier, seminarier, introduktionsuppsats, pedagogisk kurs, exkursioner samt deltagande i internationella workshops och symposier. Kombinationen av dessa anpassas för varje doktorand beroende på dennes bakgrund och forskningens inriktning och fastställs i den individuella studieplanen.

Förutom kurser vid Uppsala universitet uppmuntras doktoranderna följa kurser vid andra universitet (inklusive internet-baserade kurser) inom och utom landet.

I vissa fall kan kurser i den grundläggande utbildningen ingå, förutsatt att dessa ej finns bland dem som givit behörighet till utbildningen.

Kursutbudet revideras fortlöpande. Beroende på den valda forskningsinriktningen och doktorandens bakgrund är det väsentligt att kursdelen kompletterar den tidigare utbildningen på följande sätt. För doktorander som har inhämtat större kompetens inom data, matematik, statistik en icke obetydlig del av kurserna i den individuella studieplanen hämtas från det livsvetenskapliga området. För doktorander som har sin huvudsakliga kompetens inom livsvetenskaper hämtas en icke obetydlig del av kurser från det datavetenskapliga området.

Examinator för kurser

För kurser inom utbildning på forskarnivå är normalt kursansvarig lärare examinator. Prefekt utser examinator för kurs på forskarnivå. Examinators uppgift är endast att bestämma betyg på prov. Huvudhandledaren, i samråd med forskarutbildningsansvarig professor och övriga handledare, avgör vilka kurser och med vilken omfattning (antal högskolepoäng) doktoranden ska få räkna in i sin utbildning på forskarnivå, vilket ska dokumenteras i den individuella studieplanen.

Tillgodoräknande

Att avgöra vilka prov (kurser eller andra moment som genomförs under studietiden inom utbildning på forskarnivå) doktoranden ska få tillgodoräkna i sin utbildning på forskarnivå och med vilken omfattning (antal högskolepoäng), ankommer på huvudhandledaren, i samråd med forskarutbildningsansvarig professor och övriga handledare, vilket ska dokumenteras i den individuella studieplanen. Examinators uppgift är endast att bestämma betyg på prov.

Om tidigare utbildning eller verksamhet (som har genomförts före antagning till utbildning på forskarnivå) ska godtas för tillgodoräknande ska detta prövas (6 kap 8 § HF). Vid fakulteten är forskarutbildningsansvarig professor ansvarig för prövningen.

Avhandling, disputation och licentiatseminarium

Avhandling

Forskningsarbetet ska resultera i en vetenskaplig avhandling som ska försvaras vid en offentlig disputation. Forskningsuppgiften kan utföras såväl enskilt som i samarbete med andra inom eller utom institutionen. Doktoranden ska dock tränas till en självständig forskningsinsats.

Doktorsavhandlingen kan utformas antingen som en monografi, d.v.s. ett enhetligt, sammanhängande vetenskapligt verk, eller som en sammanläggningsavhandling, d.v.s. en sammanläggning av vetenskapliga delarbeten med en sammanfattning av dessa. Avhandlingsarbetet ska motsvara minst 120 högskolepoäng (6 kap. 4-5 §§ HF, samt Bilaga 2, Examensordning). Avhandlingar inom fakulteten ska innehålla en populärvetenskaplig svensk sammanfattning om minst två sidor.

Doktorsavhandlingen ska antingen uppfylla krav som kan ställas för publicering i en internationell vetenskaplig tidskrift med oberoende kvalitetsgranskning, eller utgöra en sammanfattning av vetenskapliga delarbeten med motsvarande kvalitetskrav. Om doktoranden har författat ett delarbete tillsammans med en annan person får det beaktas endast i den mån som den enskilda insatsen kan urskiljas. Detta bör ske genom en beskrivning av doktorandens bidrag i de delarbeten som en sammanläggningsavhandling baserar sig på. Om delar av arbetet tidigare publicerats av doktoranden i licentiatavhandling ska detta tydliggöras.

Licentiatavhandlingen är mindre till omfattningen, men samma kvalitetskrav för ingående delarbeten gäller som för doktorsavhandlingen.

Huvudhandledare ska, i samråd med forskarutbildningsansvarig professor och övriga handledare, bedöma när avhandlingsarbetet fortskridit så långt att tid för disputation resp. licentiatseminarium kan fastställas.

Disputation

Former för disputation och betygsättning av doktorsavhandling regleras i högskoleförordningen och i fakultetens riktlinjer för utbildning på forskarnivå (TEKNAT 2021/301) samt Antagningsordning och föreskrifter för betyg inom utbildning på forskarnivå vid Uppsala universitet (UFV 2022/729).

Doktorsavhandlingen ska försvaras muntligt vid en offentlig disputation. En av fakulteten utsedd betygsnämnd beslutar om betyg för doktorsavhandlingen.

Licentiatseminarium

Fakultetens riktlinjer för utbildning på forskarnivå (TEKNAT 2021/301) sammanfattar regler för licentiatseminarium.

Betyg för licentiatavhandlingen beslutas av forskarutbildningsansvarig professor, eller annan professor som denne delegerar uppgiften till, i samråd med huvudhandledaren och externa granskaren. Den som är huvud- eller biträdande handledare för doktoranden får inte vara examinator.

Examen*

Följande examensbenämningar är fastställda för Bioinformatik:

Filosofie licentiat- och doktorsexamen

Teknologie licentiat- och doktorsexamen

Den engelska översättningen för båda examina är Degree of Doctor/Licentiate of Philosophy.

I examensbeviset anges såväl ämne som inriktning. Examensbenämning (teknologie respektive filosofie licentiat- och doktorsexamen) ska avgöras av innehållet i utbildningen på forskarnivå och inte av doktorandens examen från behörighetsgivande utbildning. I det fall en doktorand vill ändra sin examensbenämning till annan än den för forskarutbildningsämnet fastställda krävs dispens av fakultetsnämnden (arbetsutskottet). Anhållan om byte av examensbenämning ska ske senast i samband med utseende av opponent och betygsnämnd eller inlämning av avhandling till tryckning, vilketdera av dessa som först inträffar.

Bevis om doktors- och licentiatexamen utfärdas efter ansökan i Ladok.

Regelverk och ansvarsfördelning för utbildningen

Utbildningen på forskarnivå regleras i högskolelagen (1992:1434) och högskoleförordningen (1993:100). Dessa kompletteras med följande lokala föreskrifter: Riktlinjer för utbildning på forskarnivå vid Uppsala universitet (UFV 2022/728), Antagningsordning och föreskrifter för betyg inom utbildning på forskarnivå vid Uppsala universitet (UFV 2022/729) och Riktlinjer för utbildning på forskarnivå vid teknisk-naturvetenskapliga fakulteten (TEKNAT 2021/301).

Ansvaret för utbildning på forskarnivå vilar ytterst på konsistoriet och rektor (2 kap. 2-3 §§ HF). Genom delegation har områdesnämnd eller fakultetsnämnd det övergripande ansvaret och tillsynsansvaret medan det löpande ansvaret utövas av den institution där doktoranden är registrerad. Nyckelfunktioner inom utbildning på forskarnivå är prefekt, forskarutbildningsansvarig professor, studierektor på forskarnivå och handledare. Se fakultetens arbetsordning (TEKNAT 2019/177) för beskrivning av roller och ansvar.

Övrigt *

Forskningen i bioinformatik bedrivs nästan alltid i samarbete i stora grupper och ofta i internationella projekt som kännetecknas av globalt informationsflöde på engelska. Det förutses att doktoranden har förmåga att delta i virtuella möten, kan tillgodogöra sig resultat och ge egna bidrag i denna miljö.